Es klingt etwas eigenartig, aber der bestreffende Layer muss aktiviert sein, um diesen auch löschen zu lönnen.
Beispiel: Layer A gesprüht - Layer B gesprüht. Wenn man jetzt "Rubber on Layer" wählt und man hat noch Layer B aktiv, so wird auch nur Layer B gelöscht. Layer A bleibt erhalten. Um diesen zu löschen, muss man erst Layer A aktivieren und dann löschen.